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序列(5'to3')
5'- -3'
序列要求:序列大小寫均可以,兼並堿基請用代碼:
R(A,g),Y(C,T),M(A,C),K(g,T),S(g,C),w(A,T),H(A,T,C),B(g,T,C),V(g,A,C),D(g,A,T),N(A,T,g,C);
爲配合我們自動登入時的准確性,序列中請不要使用空格或其它非序列信息符號。
3'端修飾    
5'端修飾    
中間修飾
您可以选择多个中間修飾 添加
oligo浓度 (μM)    
Na+浓度 (mM)    
               

在線Oligo分析器說明:

① 准确性

寡核苷酸鏈的性質(如Tm值、消光系數等)是根據相關算法擬合公式推算獲得的,僅供參考,並不代表實際實驗數據。不同的工具采用的公式和參數可能不同,因此得到的結果會略有差異。如果序列中存在兼並堿基,則按照兼並堿基所代表堿基數據的平均值進行計算。


② COMPLEMENT

顯示輸入序列的反向互補序列,方向爲5-3。反向互補序列自動忽視末端修飾基團,但如果修飾基團爲基本堿基類似物,則按照基本堿基進行計算。脫氧次黃嘌呤(dI)的互補堿基爲胞嘧啶(C)。


③ LENGTH

寡核苷酸鏈中單核苷酸殘基的數量,如果修飾基團屬于單核苷酸殘基類似物,則也算做在內。


④ GC CONTENT

寡核苷酸鏈中鳥嘌呤和胞嘧啶核苷酸的摩爾百分比。


⑤ TM

熔解温度(Melting Temperature, Tm)是指两段互补的碱基序列解链50%时的温度。生工生物引物分析器中,Tm计算是按照最近邻二态模型进行的,所采取的计算公式(1)为:

                                             

其中,ΔH和ΔS分别指根据热力学熔解参数计算出来的这段寡核苷酸的焓和熵,生工引物分析器采取的热力学参数来自于Allawi和SantaLucia在1997年发表于《Biochemistry》上的文章(DOI: 10.1021/bi962590c);R是理想气体常数(1.987 cal/K·mole);[Oligo]是指寡核苷酸的有效摩尔浓度,我们假定寡核苷酸链是非自身互补配对的,有效摩尔浓度取寡核苷酸总浓度的1/4,这里默认的寡核苷酸总浓度为500 nM。

盐离子校正:单价盐离子会对引物的Tm值产生一定的影响,公式(1)中盐浓度的条件为1M Na离子,因此得到的Tm(K)为1M钠离子浓度下的热力学温度(单位:K)。但大多数实际情况下并没有这么高的浓度,因此需要对该浓度进行校正,生工引物分析器采用的盐离子校正公式来自于Owczarzy在2004年发表于《Biochemistry》上的文章(DOI: 10.1021/bi034621r)。公式(2)为:

其中Tm*为离子校正后的Tm值,fGC为寡核苷酸链的GC含量,[Na+]为实际情况下的离子浓度,生工引物分析器中的Na离子浓度默认值为50 mM。得到Tm*之后将单位其转换为摄氏度即为最终预测的Tm值。


⑥ MOLECULAR WEIGHT

分子量指1摩爾寡核苷酸鏈的質量,計算方式爲組成寡核苷酸鏈中所有原子質量的累加。


⑦ EXTINCTION COEFFICIENT

摩尔消光系数(ε260)是指1摩尔寡核苷酸链水溶液在260 nm处的吸光值。该数值决定了寡核苷酸链质量与合成OD数的关系。组成碱基种类随机的情况下,可以近似认为DNA双链1 OD的量为50 μg,单链寡核苷酸1 OD的量为33 μg。但对于客户定制的寡核苷酸链,需要根据序列进行计算。生工引物分析器采用最近邻二态模型进行消光系数的计算,参考数据为Michael于2003年发表于《Nucleic Acids Research》的文章(DOI: 10.1093/nar/gnh015)。


⑧ nmole/OD260和?g/OD260

根據摩爾消光系數,可計算出每OD所含的寡核苷酸鏈的分子量以及質量,計算公式爲:nmole/OD260=106/ε260以及?g/OD260 = nmole/OD260 × molecular weight × 10-3